Zu Beginn der Partnerschaft mit America West Airlines setzte Mesa Airlines zunächst Beech 1900D sowie zwei Fokker 70 - die einzigen beiden je in den USA registrierten Einheiten des Musters - unter dem Namen America West Express ein. Ab 1996 wurde die Flotte auf Bombardier CRJ-200 und CRJ-900ER wie die N916FJ umgebaut. Nach dem Zusammenschluss von America West und US Airways flogen sie unter dem US Airways Express-Namen weiter.

Neben der Tätigkeit als Zubringer für die grossen US-Netzwerk-Airlines war Mesa Airlines traditionell noch lange in ihrer angestammten Heimat als Regionalairline tätig, weshalb einige Flugzeuge wie die Beech 1900D N104YV in eigenständiger Bemalung verblieben.

Die ursprüngliche Farbgebung der Mesa Airlines fand auf den Beech 1900 sowie den Embraer 120RT Brasilia wie der N298YV Verwendung, verschwand aber nach und nach, als Mesa Airlines mit dem Ausbau der Zubringerverträge immer öfter unter den Markennamen ihrer Partner flog. Während sie 1997 mit der Brasilia noch dreimal täglich in Eigenregie von Arizona nach New Mexico fliegt, ist Mesa Airlines am Flughafen Phoenix zugleich bereits im grossen Stil unter dem America West Express-Brand unterwegs.